Słowacja leży w Europie Środkowej, po południowej stronie wododziałowego łuku Karpat i - w niewielkiej części - na nizinach naddunajskich. Jest krajem górskim - (61%) jej powierzchni zajmują liczne pasma i łańcuchy górskie Karpat Zachodnich (Tatry, Białe Karpaty, Małe Karpaty, Niżne Tatry, Rudawy Słowackie, Wielka Fatra, Mała Fatra) i Karpat Wschodnich (Bieszczady, Wyhorlat). Najwyższy punkt Słowacji stanowi tatrzański szczyt górski Gerlach (2655 m n.p.m.). Góry obfitują w rozległe kotliny śródgórskie, z których największe to Kotlina Koszycka i Kotlina Liptowska. Tereny nizinne zajmują stosunkowo niewielką część powierzchni kraju. Stanowią je trzy niziny: najmniejsza Nizina Zahorska na południowo-zachodnim skraju państwa, największa Nizina Naddunajska nad Dunajem na południu i na południowym wschodzie Nizina Wschodniosłowacka z najniższym punktem powierzchni państwa przy przecięciu rzeki Bodrog z granicą państwa - 94,7 m n.p.m.


Klimat Słowacji jest górski, piętrowy, na obszarach położonych niżej – umiarkowany ciepły (przeciętnie 6-10°C, od 16-20°C w lipcu do 0 - -6°C w styczniu). Ilość opadów jest dostateczna (400-1200 mm rocznie), ale na nizinach zdarzają się susze i stosuje się sztuczne nawadnianie.

Lasy, głównie iglaste i mieszane, zajmują około 40% powierzchni kraju, z największymi kompleksami leśnymi w środkowej Słowacji. Na Nizinie Naddunajskiej i na Nizinie Wschodniosłowackiej pierwotnie dominował step i lasostep, ale tereny te już dawno zostały zajęte pod intensywne rolnictwo.

Słowacja ma gęstą sieć rzeczną, w 96% należącą do zlewni Dunaju, a tym samym do zlewiska Morza Czarnego (pozostałe 4% stanowi zlewnia Wisły w zlewisku Morza Bałtyckiego). Największe rzeki Słowacji to (poza Dunajem i Cisą) Wag (403 km), Hron (289 km), Ipeľ (232,5 km), Bodrog (88 km; z rozległym systemem rzecznym), Slaná (229,4 km) i Hornád (286 km). Jeziora są niewielkie i leżą głównie w wysokich górach, natomiast liczne i duże są sztuczne zbiorniki wodne.